Epidendrum funkii , ( Se le encuentra en la zona conocida por los lugareños como Orquideachayoc)
Lycaste longipetala, ( Se le puede encontrar a la margen izquierda del Camino Inca, rumbo a la Ciudadela)
Epidendrum secundum, ( Conocida como Wiñay Wayna)
Altensteinia fimbriata, ( Presente en la margen izquierda del camino inca antes de llegar al primer bosque )
Pleurothallis cordata, ( se le halla dentro de las áreas boscosas, en la margen izquierda del Camino rumbo a la Ciudadela.)
En las partes altas existen, por ejemplo, las llamadas gramíneas alto andinas, entre las que destacan diferentes tipos de ichus como la shulla y la chilla, así como también el crespillo. Las partes más bajas se caracterizan más bien por la mayor abundancia de vegetación como el pisonay, la queuña, los alisos, helechos, palmeras y puyas.
El camino de ascenso se encuentra adornado con más de 400 especies de Orquídeas, begonias, árboles y arbustos como la queuña (Polylepis racemosa), el pisonay (Eritrina falcata), la muña (Minthostachys glabrecens), puyas, entre otras. De igual manera, alberga una fauna muy variada.
La conformación geográfica de su suelo es sumamente accidentada. Existen numerosas quebradas y cursos de agua de origen glaciar. Todos confluyen en el
río Urubamba, que cruza la zona dando forma a un profundo valle, por mas de 40 kilómetros, en una sucesión de diferentes pisos ecológicos. Mientras se avanza, detrás, como en una pantalla de cine, se observa la presencia de los nevados de Vilcabamba: Salkantay , Humantay, y otros, que bordean alturas superiores a los 6,000 metros sobre el nivel del mar.
A los lados, la conformación de selvas y valles crean imágenes de fantasía, donde los amaneceres y los atardeceres constituyen espectáculos de grandeza y misterio. Al mismo tiempo, el viajero cruza nueve zonas de vida del Santuario, las cuales están ubicadas entre los 2,000 y 6,000 metros de altitud. Esa diversidad de altura, que a su vez, procrea diversas calidades de clima, definen la existencia de distintas especies de flora y fauna.
En el Santuario de Machu Picchu existen 400 especies de aves registradas. Por ejemplo, el gallito de las rocas (Rupícola peruviana) y la pava de monte (Penelope montagnii). En los ríos, se puede hallar al patito de los torrentes (Merganetta armata) y a las nutrias, sobrevolando este espacio único el majestuoso cóndor(vultur gryphus) y, como aves endémicas del Santuario y de sus áreas vecinas, el cucarachero inka (Thryothorus eisenmanni), el cara cara, así como una gran variedad de picaflores, loros y patos.
También se encuentra al oso de anteojos (Tremactos ornatos), al puma (Puma concolor), al venado enano (Mazama chunnyi), gatos monteses, tarucas, sachacabras, y a reptiles, batracios, mariposas e insectos. La conformación geográfica de su suelo es sumamente accidentada. Existen numerosas quebradas y cursos de agua de origen glaciar.
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